Грешка в програмирането на бордовата компютърна система на “Фобос-Грунт” е най-вероятната причина за аварията. Това гласи докладът за инцидента, цитиран от Лента.ру. Той е бил представен на ръководителя на федералната космическа агенция “Роскосмос” Владимир Поповкин лично от председателя на научно-техническия съвет на държавната корпорация “Ростехнологии” Юрий Коптев. Като основна причина за инцидента се посочва “програмна грешка, довела до едновременно рестартиране на два работещи канала на бордовата компютърна система”. Комисията е разгледала няколко възможни причини за аварията. Много от тях са били отхвърлени веднага, а други – след изпитания. Сред отхвърлените е и версията, че на старта са попречили американски радари. Електроника, аналогична на тази на “Фобос-Грунт”, е издържала при изпитанията на максимално ниво на облъчване, което е изключило версията за външно въздействие. Междупланетната станция “Фобос-Грунт” е била пусната на 9 ноември 2011 г. Апаратът трябваше да достигне до марсианския спътник Фобос, да вземе образци от почвата и да ги изпрати обратно в специална капсула. Няколко часа след началото на полета не се включи двигателят, който трябваше да изведе станцията на траекторията за полет към Марс. Апаратът заседна на орбита около Земята и остана там до 15 януари 2012 г., когато изгоря в плътните слоеве на атмосферата. Изпращането на данни от апарата е прекъснало скоро след извеждането му на орбита около Земята, което показва, че още тогава бордовата компютърна система не е действала според заложената програма. След автоматичното едновременно рестартиране бордовият компютър не е успял да реализира нито една маневра по извеждане на апарата на орбита за излитане. На “Фобос-Грунт” имаше и апарат, разработен от учени от БАН.